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【动物造模】-如何分析树鼩大肠内容物菌群?

  目的:您想用高通量测序技术分析树鼩结肠细菌的结构和组成吗?

  方法:采集三只雄树鼩大肠内容物,用细菌16SDNA通用引物扩增V3?用Illumina PE250平台进行V4区测序?

  结果:共得到160157个有效序列,聚类后得到437个操作分类单元(OTU)。有9个Phlums,19个班级,37个命令和68个。鼩鼱大肠137种属194种细菌?其中,(1)Firmicutes 和 Proteobacteria 含量*多,分别为 63.30 28.52?(2)优势类是 Bacillus 和 γ? (51.46?8.02③乳杆菌和肠杆菌

  目的:*丰富的45.33?27.51?④优势科为乳酸杆菌(35.30肠杆菌科(27.51⑤乳酸杆菌为前乳杆菌和大肠杆菌. (35.30?7.49在种水平上,可培养细菌的丰度为37.10?未分类细菌为27.69?未培养细菌为35.21?这八个未分类的物种(40?是从未被发现的新物种吗?个体之间的细菌群落是否存在一些差异?

  结论:树鼩大肠内容物中细菌的组成是多种多样的。其中,还有许多相对丰富的细菌尚未分类或鉴定。

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