动物造模 中国实验动物信息网 2023-02-17 2014

　　目的：筛选出能快速鉴定四种常用品系大鼠[Wistar大鼠､Goto-Kakizaki(GK)大鼠､Brown-Norway (BN)大鼠､Sprague-Dawley(SD)大鼠]的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点并验证其可靠性｡

　　方法：首先对Wistar大鼠和GK大鼠进行全基因组重测序,利用生物信息学技术将重测序结果比对到BN大 鼠参考基因组,筛查到Wistar大鼠和GK大鼠基因组范围内的特异性SNP,并从中进一步筛选出一组候选SNP位 点,再利用一代测序和DNA混合池法对以上候选SNP位点在Wistar､GK､BN､SD四种大鼠群体中进一步筛查与验 证｡

　　结果：Wistar和GK大鼠通过比对分别得到94800和106019 个纯合特异性SNP,其中有56216 个SNP为 Wistar和GK大鼠所共有,且发现BN大鼠参考基因组､Wistar大鼠和GK大鼠三者基因型互不相同的位点仅有38 个,从中挑选了15个作为候选SNP位点,*终在Wistar､GK､BN､SD四种大鼠群体验证中得到13个可以区分四个 品系大鼠的SNP标记及其在各个品系中的基因型｡

　　结论：筛查并验证了能区分Wistar､GK､BN和SD四种大鼠的 13个SNP标记,这些SNP标记可快速区分出Wistar､GK､BN和SD大鼠｡